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Urinary Exosome Protein Database :尿液外泌体蛋白生信数据库

外泌体数据库 管理员 173℃ 0评论

外泌体形成和排泄的机制是这样的:第一步中,外膜蛋白会发生内吞作用;第二步,将内体靶向多囊泡体(MVB)。标记质膜蛋白并入MVB的信号是单泛素化;在第三步中,内体与MVB融合。因此,顶端质膜蛋白被分离在MVB外膜中,并通过膜内陷而被内在化。最终,MVB的外膜与顶质膜融合,在泌尿系统中释放其内部囊泡,称为“囊泡”。外泌体既包含膜蛋白又包含胞质蛋白。

Urinary Exosome Protein Database :尿液外泌体蛋白生信数据库插图

外泌体形成和排泄的机制示意图

Urinary Exosome Protein Database是专用于尿液外泌体蛋白的数据库, 库内有1160种蛋白质,里面的数据是基于上皮系统生物实验室(ESBL)已发表的蛋白质谱数据,所有数据均来源于健康志愿者尿液外泌体。这个数据库包含了用两种不同的质谱仪来鉴定人类尿外泌体的蛋白质。

Urinary Exosome Protein Database

https://hpcwebapps.cit.nih.gov/ESBL/Database/Exosome/

 

Urinary Exosome Protein Database :尿液外泌体蛋白生信数据库插图1

来看看尿液外泌体蛋白信息吧!

Urinary Exosome Protein Database :尿液外泌体蛋白生信数据库插图2

这些内容在主页上列出,会列出蛋白质名称、基因名称、肽号、参考序列、GO组件、GO过程、GO功能……而这就是Urinary Exosome Protein Database展现的王牌功能:把外泌体信息简单、直接粗暴列出。所以你要找某个特定外泌体信息的话要一个个翻,另外这个数据库也不能下载……

Urinary Exosome Protein Database :尿液外泌体蛋白生信数据库插图3

不过,点击RefSeq的话还是会有丢丢惊喜,会转到NCBI下面的Protein库会提供参考序列的相关的参考文献,比如这样:

Urinary Exosome Protein Database :尿液外泌体蛋白生信数据库插图4

另外,点击主页的Urinary Exosome Protein Database,会转到一个链接集合,这里你也可以看看有没有什么能够帮得上忙的~

Urinary Exosome Protein Database :尿液外泌体蛋白生信数据库插图5

好了,由于Urinary Exosome Protein Database内容比较少,更新的次数也不太多,对这个数据库的介绍就到这里啦。

References:

  1. Pisitkun T, Shen RF, Knepper MA. Identification and proteomic profiling of exosomes in human urine. Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 Sep 7;101(36):13368-73.
  2. Gonzales PA, Pisitkun T, Hoffert JD, Tchapyjnikov D, Star RA, Kleta R, Wang NS, Knepper MA. Large-scale proteomics and phosphoproteomics of urinary exosomes. J Am Soc Nephrol. 2009 Feb;20(2):363-79.

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