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exRNA Atlas:外泌体RNA生信数据库

外泌体数据库 管理员 173℃ 0评论

exRNA Atlas是细胞外RNA通讯联盟(ERCC)的数据库。数据库由ERCC创立,旨在推动研究人员共享资源,建立exRNA研究的统一标准。数据库信息库包括人类和小鼠生物流体的小分子RNA测序和qPCR衍生的exRNA图谱,数据库使用exceRpt小RNA-seq管道的版本4处理所有RNA-seq数据集,并且ERCC开发的质量指标被统一应用于这些数据集。

exRNA Atlas最新版本开放了脑脊液、唾液、血清、血浆和尿液来源的5,309例 exRNA-seq 以及qPCR数据,同时网站还提供了适用于exRNA研究的分析工具。最新的更新日期是2019年8月。

exRNA Atlas:外泌体RNA生信数据库插图

exRNA数据分析流程

exRNA Atlas

https://exrna-atlas.org/exat

 

exRNA Atlas:外泌体RNA生信数据库插图1

01 home

快速搜索

ncRNA搜索栏支持搜索成熟的miRNA,tRNA和piRNA。这里使用miRNA的hsa-miR-101-5p进行测试(也可以输入多miRNA搜),当单击search时,我们将看到一个类似这样的页面:

exRNA Atlas:外泌体RNA生信数据库插图2

支持ncRNA类型有:tRNA、piRNA、snoRNA、snRNA

表格汇总了exRNA Atlas数据中所选miRNA的频率。表格中的每一行将对应选定的miRNA。表格中的每一列将对应于Atlas中的生物流体,每个生物流体存在的样品数量将显示在生物流体名称下方,指示ncRNA根据提供的参数在该生物流体中表达。没有复选标记并不表示ncRNA在该生物流体中未表达,可以单击生物流体的列标题以按该生物流体对结果进行排序。“样本类型”选项为表选择不同的Atlas数据子集。例如,如果选择“健康样本”,则在生成表格时将仅使用健康样本。在选择新的样品类型后,每个生物流体下面的样品数量将相应更新。

exRNA Atlas:外泌体RNA生信数据库插图3

Select exRNA Profiles

主页的搜索框下拉后是Select exRNA Profiles,接下来的内容和导航栏的Select Profiles对应。

exRNA Atlas:外泌体RNA生信数据库插图4

我们可以通过单击图表中的切片或构面名称来选择exRNA配置文件。如果要选择所有可能的方面,可以单击浮动菜单栏中的图标。比如这里选择血浆或血清且被标记为阿尔茨海默氏病的生物样品,则可以单击”Alzheimer’s”, “Plasma”,  “Serum” facets,最好为了生成表格,单击图标如下:

exRNA Atlas:外泌体RNA生信数据库插图5

我们可以看到每个生物样品的名称以及每个生物样品的一些关键元数据属性(条件,解剖位置,生物流体名称和exRNA来源)。在shee2里面网格将显示每个样品的ERCC质量标准指标。“NA”表示网站正在重新评估该样品的质量。

exRNA Atlas:外泌体RNA生信数据库插图6

exRNA Atlas:外泌体RNA生信数据库插图7

Overview of Studies

exRNA Atlas:外泌体RNA生信数据库插图8

Atlas Statistics

这就是低调吧,把exRNA Atlas所收录的数据展示放在bottom。

exRNA Atlas:外泌体RNA生信数据库插图9

细心一点,还可以看见右侧还有Browse exRNA Profiles – Alternative Options生物流体与条件以及生物流体与分析类型。

exRNA Atlas:外泌体RNA生信数据库插图10

这个得到的结果和Select exRNA Profiles相似,但过程不同。打开后会看到这样的图:

exRNA Atlas:外泌体RNA生信数据库插图11

单击折叠的节点,以在Anatomical Locations » Biofluids » Conditions构面序列中沿其路径追溯,然后就会这样:

exRNA Atlas:外泌体RNA生信数据库插图12

单击放大镜图标就会出现结果。

02  exRNA Portal

外泌体各种实验protocol原文献(https://exrna.org/resources/protocols/ )是大家比较关心的内容, exRNA Portal部分已开发出用于纯化细胞外囊泡和RNA以及exRNA测序和数据分析的标准操作程序(SOP)。ERCC(ERCC是一个社区资源项目,旨在促进科学界中的exRNA研究活动)主要目标之一是标准化这些程序,以最大程度地减少实验室和实验之间的实验差异,提供外泌体protocol原文献内容列出(部分)如下:

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03 Dataets

这里可供各种数据下载,比如在人血浆中广泛检测到多样的人细胞外RNA、蛛网膜下腔出血患者脑脊液和血浆中细胞外RNA情况,还会列出作者、机构、资金来源。

exRNA Atlas:外泌体RNA生信数据库插图14

exRNA Atlas还允许用户使用Atlas中已有的exRNA-seq数据,在Atlas平台共享自己的数据,以支持未来的exRNA研究。如果你需要用exRNA Atlas数据库做线上分析的话,需要注册一个账号,才能尽情使用。

exRNA Atlas:外泌体RNA生信数据库插图15

exRNA Atlas包含许多用于分析Atlas RNA-seq数据的不同分析工具:XDec、DESeq2、Dimensionality Reduction Plotting Tool、Generate Summary Report。同时研究人员可以将自己的exRNA-seq数据提交到Atlas平台,进行数据共享。这就是exRNA Atlas的介绍了,我们下期再会。

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