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CancerSEA:免费做单细胞测序分析的生信数据库

单细胞数据库 管理员 174℃ 0评论

背景介绍

单细胞测序分析可以解决肿瘤异质性的问题,提高实验数据分析的准确性,对临床医生对疾病的诊断、检测、治疗提供非常有价值的帮助,也是现今生命科学研究的焦点。但测序费用的昂贵让很多怀着科研梦想的人却步,但是,方法总比困难多,一个网站的出现,让这个问题不再成为问题–CancerSEA

CancerSEA是一个旨在单细胞水平上全面探索癌细胞的不同功能状态的多功能网站,涉及14个细胞功能状态,是25种癌症类型的900个癌症单细胞。虽然这个网站不是所有的基因都可以分析,但网站还在持续更新,可以说,是代码恐惧者的福音,也算是老天对生信人的“宠溺”。

通过这个网站可以:

1

提供癌症单细胞功能状态图集,涉及来自25种癌症类型的41,900个癌症单细胞的14个功能状态。

2

查询该基因(包括PCG和lncRNA)或目标基因列表的哪个功能状态与不同癌症类型相关。

3

提供在单细胞分辨率下与功能状态高度相关的PCG / lncRNA谱库。

CancerSEA

http://biocc.hrbmu.edu.cn/CancerSEA/

CancerSEA:免费做单细胞测序分析的生信数据库插图

首页是不同状态的癌细胞fafa们,每个代表不同的基因库。右侧,CancerSEA提供Functional states,种类如下:

CancerSEA:免费做单细胞测序分析的生信数据库插图1

点开后可以看到所有癌症类型的血管生成活性和相关的基因库,可免费提供下载。

CancerSEA:免费做单细胞测序分析的生信数据库插图2

所有跨癌症类型的血管生成活性

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显著相关PCGs

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相关PCG丰富的功能

接下来是CancerSEA主要功能区:search、Browse、Statistic、Download的正式介绍。

PART 1

Search

CancerSEA:免费做单细胞测序分析的生信数据库插图5

这个页面提供了三种搜索模式:第一种,输入基因名称,第二部分是选择癌症类型和功能状态来查询特定癌症类型中与此状态相关的PCG / lncRNA,第三种是是输入多基因或者通过选择基因列表,以上三种的结果将显示包含四个部分的查询结果。

接下来重点介绍第一种,以输入SOX4基因为例结果呈现如下:

01

基因的基本信息:

CancerSEA:免费做单细胞测序分析的生信数据库插图6

显示了基因的基本注释,包括基因符号,别名,Ensembl ID,功能描述和外部链接,包括Entrez Gene数据库和Ensemble数据库。

当点击基因的“基因符号/ ID”时,会出现这个基因详细信息。

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02

所查询基因在不同癌症中跨14个功能状态的相关性

这里可以观察基因与不同癌症中的功能状态之间的平均相关性,包括干细胞特性,侵袭,转移,增殖,EMT,血管生成,凋亡,细胞周期,分化,DNA损伤,DNA修复,缺氧,炎症和沉默。

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点击Correlation data table,可以查看输入基因的功能相关性和值大小,可以下载。

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03

所查询基因与某一癌症功能相关性

从列表中选择一个癌症进行功能相关分析,我们以这次的SOX4为例。

右侧显示该基因与14种细胞功能相关性热图,红色越深相关性越强,蓝色越深相关性越弱。

CancerSEA:免费做单细胞测序分析的生信数据库插图11

还可以与输入基因有显著相关性的功能状态筛选出来并画出散点图,显示p值和相关系数。

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不同细胞组中的功能相关性

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箱型图表示在选择的数据集的单元格中基因的表达分布情况。散点图描述细胞的分布,每个点代表一个细胞,该点的颜色代表该基因在细胞中的表达水平。

PART 2

Browse

功能状态图集和详细的单细胞数据集信息

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这模块能看到所有癌细胞的功能状态图集,选择一个数据集以查看其详细信息,数据集信息由“详细描述”,“功能状态配置文件”,“细胞分布”,“ PCG / lncRNA的表达模式”和“推断的CNV热图”组成。

01

多种癌症单细胞数据分析

我们可以单击圆形的外层查看数据集的详细信息。

点击左侧癌症类型,浏览特定癌症类型的功能状态图谱,右侧会展现不同数据集在这14个功能的热图分析结果。

CancerSEA:免费做单细胞测序分析的生信数据库插图14

下方会展示该数据集的详细说明描述,以及数据集出版来源。

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多功能状态下基因变异分析

此处中的热图显示通过基因组变异分析计算了14种功能状态下癌细胞的活性。行表示功能状态,列表示按层次分类,列标签显示不同分组。

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细胞分布

图中显示了基因表达的T-SNE和PCA图。不同颜色表示细胞所属的不同细胞组。

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PCG / lncRNA的表达模式

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推断细胞拷贝数变异

热图显示了所选数据集中细胞的推断CNV分布图。行代表分层聚集的细胞,列代表按基因组位置(1-22-X)排序的PCG。

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PART 3

Statistic

Statistic模块主要是对数据库的内容进行了统计,包括所有实验的癌症类型比例,QC前后每种癌症中单细胞的数量,每种癌症中细胞群的比例,QC后每种癌症中单细胞的比例。讲课、做报告用到癌症大数据还是能用得到的。

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PART4

Download

CancerSEA中的所有数据都可以在“Download”页面下载,其中包含每个单细胞数据集的功能状态配置文件和PCG / lncRNA表达谱以及功能状态标签。

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CancerSEA:免费做单细胞测序分析的生信数据库插图26

最后,再简单介绍一下这个单细胞测序数据库数据库背后的大佬吧:CancerSEA是由哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院肖云副教授开发的,论文发表在Nucleic Acids Research杂志上(影响因子为11.147),希望大家能够好好利用呦。

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