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SomamiR:肿瘤细胞miRNA突变位点专用生信数据库

生信数据库 管理员 148℃ 0评论

SomamiR是microRNA(miRNA)及其靶点中癌症体细胞突变的数据库,集成了多种类型的数据,用于研究体细胞和种系突变对癌症中miRNA功能的影响。数据库还提供了存在miRNA靶序列体细胞突变与肿瘤相关的基因及其参与的通路。这些突变可能改变miRNA与竞争性内源RNA(ceRNA)之间的相互作用,包括mRNA,环状RNA(circRNA)和长非编码RNA(lncRNA),它还为这些体细胞突变的功能分析提供了一个集成平台。

SomamiR DB在miRNA或与癌症密切相关的靶位点中包含体细胞和种系突变的集合。具体而言,这些突变中的大多数符合以下标准(a)与GWAS或CGAS中的癌症风险相关;(b)有实验证据表明该突变改变了miRNA的功能。通过点击将miRNA相关多态性与癌症或癌症相关联的实验证据,可以浏览符合这些条件的miRNA及其靶位点的突变。实验证据分别将miRNA中的多态性与癌症联系起来。

SomamiR

http://compbio.uthsc.edu/SomamiR/home.php

SomamiR:肿瘤细胞miRNA突变位点专用生信数据库插图

SomamiR主页

 

SomamiR DB包含体细胞突变,可改变mRNA,lncRNA和circRNA中的miRNA序列和miRNA靶位。我们通过将它们与大量GWAS,CGAS,KEGG途径相关联来注释这些体细胞突变。集成了新开发的Web服务器miR2GO,用于功能分析miRNA种子中的体细胞突变。如上图所示,我们可以从六个模块认识、使用这个数据。

Somatic mutations in miRNA sequence

查看miRNA序列中的体细胞突变

我们可以在中间框框这里滑动待选的癌种类型,提交后可以看到下面表格中进行更新,可以看到对于的microRNA ID对于的突变和突变ID、位置、数目、样品名称、癌症类型(组织位置)还有 miR2GO对体细胞突变的功能分析。点击蓝色类型的字,可以跳转相关链接。这个数据表也是可以下载的。

SomamiR:肿瘤细胞miRNA突变位点专用生信数据库插图1

单击最后一列中的链接会将miRNA突变数据发送到miR2GO以进行功能分析。显示注释和显示功能效果,miR2GO最近发布的基于Web的用于对microRNA进行比较功能分析的工具。miR2GO使用默认参数设置运行,以0到1的连续比例对种子突变进行评分,以量化目标基因集中的丰富基因本体术语中的语义变化。较低的得分值表示较高的功能影响,反之亦然。

SomamiR:肿瘤细胞miRNA突变位点专用生信数据库插图2

SomamiR:肿瘤细胞miRNA突变位点专用生信数据库插图3

实验识别的miRNA靶标上的体细胞突变

Somatic mutations in experimentally identified miRNA target sites:CLASA

实验确定的miRNA目标位点的体细胞突变:CLASH

CLASH是一种用于RNA-RNA相互作用的高通量作图的新开发技术,最近已用于直接观察与人AGO1相关的miRNA-RNA靶对。CLASH提供了miRNA和靶位点序列的嵌合读物,显示了来自CLASH数据的miRNA靶位点的体细胞突变。因此可以直接识别靶向miRNA,并可以改进非常规靶向的测定,CLASH数据集包含399种不同miRNA的高可信规范和非规范靶位点。

功能区内容如下:

SomamiR:肿瘤细胞miRNA突变位点专用生信数据库插图4

网站用了COSMIC Cancer Browser中的分层分类系统定义癌症类型。该分类系统具有四个级别:组织选择,亚组织选择,组织学选择和亚组织学选择。可从此处下载各种癌症类型和每种癌症类型的体细胞突变记录数。点击ID会呈现如下内容,可以看到突变的详细内容。

SomamiR:肿瘤细胞miRNA突变位点专用生信数据库插图5

Somatic mutations in experimentally identified miRNA target sites:PAR -CLIP,HITS-CLIP

实验确定的miRNA目标位点中的体细胞突变:PAR-CLIP,HITS-CLIP

SomamiR:肿瘤细胞miRNA突变位点专用生信数据库插图6

除CLASH之外,SomamiR还开发了其他几种CLIP-seq实验技术,例如HITS-CLIP和PAR-CLIP,并用于鉴定与诱导RNA的沉默复合物(RISC)中的miRNA结合的特定mRNA序列。与CLASH不同,这些CLIP-seq数据仅提供miRNA目标位点,能够从两个miRNA靶标预测中识别出与miRNA种子互补的6mer或更长序列的靶位点中所有可产生,破坏或修饰序列的体细胞突变。方法是按照Ellwanger等人(PMID:2144577)的描述应用了6类miRNA种子互补性搜索。其次,数据库还执行了TargetScan预测。默认情况下,仅显示体细胞突变对TargetScan识别的目标位点的影响。

Somatic mutations in predicted miRNA target sites

预测的miRNA靶位点的体细胞突变

SomamiR:肿瘤细胞miRNA突变位点专用生信数据库插图7

预测的miRNA靶标上的体细胞突变结构组成

和上面的功能区一致,需要先选择癌种类型。左下角可以选择mRNA、IncRNA 、circRNA,下方会显示对应的基因编号、基因符号、体细胞突变数、miRNA数量,数据可以免费下载。

SomamiR:肿瘤细胞miRNA突变位点专用生信数据库插图8

Biological pathways impacted by sommatic mutations in miRNA target sites

miRNA靶位点体细胞突变影响的生物途径

通过选择实验数据或者预测数据,可以在下方看到显示与癌症相关的KEGG途径中的基因,这些基因在miRNA靶位点中包含体细胞突变。该表提供了包含具有影响miRNA靶位点的体细胞突变的基因的KEGG途径。KEGG路径分为三个表。第一部分包含癌症途径或与癌症病理直接相关的途径,第二部分包含信号传导途径,第三部分包含其他KEGG途径。单击Pathway ID,将在粉红色框中提供包含3’UTR体细胞突变的基因的途径,以及这些基因的列表以及与该基因的完整数据库记录相关的链接。

SomamiR:肿瘤细胞miRNA突变位点专用生信数据库插图9

Cancer associated genes that contain miRNA related somatic mutations

含有miRNA相关体细胞突变的癌症相关基因

SomamiR:肿瘤细胞miRNA突变位点专用生信数据库插图10

这里会显示来自GWAS和CGAS的与癌症相关的基因,并且在miRNA目标位点中也包含体细胞突变。单击基因符号将打开第二个浏览页面,列出该基因的所有转录本,单击符号将打开详细记录页面。

总的来说,在SomamiR,用户可以使用miR2GO分析miRNA种子区域中体细胞突变的功能影响,或者CLASH实验确定的miRNA目标位点的体细胞突变、从PAR-CLIP和HITS-CLIP实验确定的miRNA目标位点的体细胞突变、预测的miRNA靶位点中的体细胞突变显示基因,lncRNA和circRNA的3’UTR内的体细胞突变、基因lncRNA和circRNA产生或破坏假定的miRNA靶位点等结果开展研究,今天就介绍到这里,我们下期再会啦。

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