生信学习,咨询,代做,请关注公众号:生信风暴。或添加客服微信:ShengxinBoss1

miRNEST:动植物多物种miRNA生信数据库

生信数据库 管理员 160℃ 0评论

miRNEST是一个整合了动物,植物和病毒microRNA数据的综合数据库,这是一个集成的microRNAs资源。该数据库由波兰Adam Mickiewicz大学 Izabela Makałowska的基因组进化实验室建立,数据库的核心部分是作者根据225种动物和202种植物的表达序列标签(EST)进行的miRNA预测。

另外,miRNEST的外部miRNA数据已经被并入13个数据库中,其中包括生效的miRNA序列,小RNA测序数据,表达,多样性,靶标数据和进入外部miRNA资源的链接。同时还利用miRNA深度测序预测了18,043个前体miRNA,补充了将近40%以前预测的miRNA的实验数据验证支持,还补充了植物降解组分析得到的miRNA靶向预测信息,使用HuntMi和miRNA剪接位点信息进行的pre-miRNA分类的结果,也提供下载和上传功能。

miRNEST

http://rhesus.amu.edu.pl/mirnest/copy/

 

miRNEST:动植物多物种miRNA生信数据库插图

miRNEST主页

 

Browse miRNAs

miRNEST:动植物多物种miRNA生信数据库插图1

Browse miRNAs模块提供不同植物(动物和病毒也可以)的miRNA的种类和来源(有miRNST、miRBase等数据库)进行选择。其中Oryza sativa,有4517 记录,Populus trichocarpa,有3079 条记录,Homo sapiens,有2200 记录。点击 CLICK FOR MORE SEARCH会出现更多搜索限制,如下:

miRNEST:动植物多物种miRNA生信数据库插图2

运行后展示的结果表格,miRNEST id、Species、FamilySource、Mature miRNA、vs miRBase、Download、Details。

miRNEST:动植物多物种miRNA生信数据库插图3

点击Download会展示相关序列,点击Details会展示该物种的详细内容,如下:

miRNEST:动植物多物种miRNA生信数据库插图4

Deep-seq predictions

深度预测,这一部分可以通过选择库、物种和miRNA序列,会在结果中展示specieslibrary、miRNAmiRNA、arm、mismatches、bulges信息。在Secondary structure出现序列号,左下角会出现HuntMi预测miRNA的真假,如下:

miRNEST:动植物多物种miRNA生信数据库插图5

miRNA genes

这里显示了miRNA的基因查询结果,从三种数据来源中选择对于来源,会展示ATGC的内容,不同颜色代表不同位置的序列:

miRNEST:动植物多物种miRNA生信数据库插图6

Degradomes

miRNEST:动植物多物种miRNA生信数据库插图7

通过左上角不同的领域进行搜索,可以看到species、miRNA、short reads alignment、plot、library、transcript、category、cleavage position、P-value、fragment abundance、weighted fragment abundance、alignment score、miRNA-target alignment等列内容,其中点击short reads alignment、plot列下的蓝字可以看到对应内容。

miRNEST:动植物多物种miRNA生信数据库插图8

short reads alignment

miRNEST:动植物多物种miRNA生信数据库插图9

plot

Download

miRNEST:动植物多物种miRNA生信数据库插图10

Download模块可以支持EST序列中预测的miRNEST miRNA、EST序列中预测的植物miRNA靶标、深度测序数据进行miRNEST miRNA预测、降解组的miRNEST植物miRNA靶标、深度测序数据预测的miRNEST mirtrons、植物miRNA基因结构预测这些数据都下载,点击上图左侧带划线字符的内容即可。

简而言之,miRNEST所提供的功能如下:

1)提供自主的高通量实验预测的miRNA以及其他外部数据库来源的miRNA信息。

2)靶标预测和实验数据支持的候选靶标。

3)整合15个其它数据库的信息资源,其包括例如序列,多态性,表达和启动子相关信息。

4)mirtrons,miRNA基因结构,降解组数据等。

如果使用了该数据库,别忘了引用文献噢~

Szczesniak MW, Makalowska I (2014) miRNEST 2.0: a database of plant and animal microRNAs. Nucleic Acids Res. 42:D74-D77.Szczesniak MW, Deorowicz S, Gapski J, Kaczynski L, Makalowska I. (2012) miRNEST database: an integrative approach in microRNA search and annotation. Nucleic Acids Res. 40: D198-D204.

转载请注明:智汇基因 » miRNEST:动植物多物种miRNA生信数据库

喜欢 (0)
发表我的评论
取消评论
表情

Hi,您需要填写昵称和邮箱!

  • 昵称 (必填)
  • 邮箱 (必填)
  • 网址