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LncRNADisease:IncRNA相关疾病生信数据库

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LncRNA对于理解生命科学,尤其是疾病,至关重要。LncRNADisease数据库整理了实验支持的lncRNA-疾病关联数据的资源,还整合了用于预测新型lncRNA-疾病关联的工具该数据,旨在提供人类lncRNA的全面功能注释。

LncRNADisease:IncRNA相关疾病生信数据库插图

长非编码RNA疾病数据库LncRNADisease是北京大学健康科学中心生物医学信息学系崔庆华博士首次创建并发布的,收录了160多种和长非编码RNA有关的疾病,并集成了一个生物信息学工具用以预测新的人类长非编码RNA和疾病的关系。整合了microRNA-mRNA以及microRNA-lncRNA相互作用数据以基于“ceRNA假说”产生lncRNA功能注释。此外,LncRNADisease还可以在各种水平上促进lncRNA相互作用,包括蛋白质,RNA,miRNA和DNA,目前提供1564个人类lncRNAs对疾病的预测结果。

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LncRNADisease

http://210.73.221.6/lncrnadisease

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LncRNADisease主页

#Browse

这模块可以浏览数据库中的lncRNA-疾病关联数据。单击“疾病”,浏览与候选疾病相关的条目。单击“ lncRNA”,可浏览与候选lncRNA相关的条目。

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点击每个条目有11个项目,可看到LncRNA名称、疾病名称、功能障碍类型-(根据lncRNA和疾病关联的实验证据,我们将功能障碍注释为以下类型。“表达”表示实验证据来自表达数据,即疾病样品中lncRNA的上调。“突变”表明实验证据是lncRNA的突变。“相互作用”是指实验证据是lncRNA与其他分子的相互作用。“基因座”是指lncRNA在疾病相关位点内)、(-lncRNA-疾病关联的详细描述、Chr-lncRNA所在的染色体、Start-lncRNA的起始基因组坐标、末端-lncRNA的末端基因组坐标、股线、序列– lncRNA的DNA和RNA序列。

#Search

lncRNADisease提供了按lncRNA或疾病的全部或部分名称进行“搜索”的功能。将您的候选关键字输入到相应的空白处并提交查询。

LncRNADisease:IncRNA相关疾病生信数据库插图4

#Interaction

这模块可以浏览lncRNA交互数据,单击要浏览的lncRNA名称即可,如有需要也可以下载。

LncRNADisease:IncRNA相关疾病生信数据库插图5

#Predict

LncRNADisease:IncRNA相关疾病生信数据库插图6

当你拥有新的lncRNA,并想预测其lncRNA相关的潜在疾病,则可以Predict

模块进行。lncRNADisease集成了基于基因组邻居的工具进行预测,首先提交lncRNA名称及其基因组信息(例如其染色体),位置和结束位置(单击“单击以预测”按钮时,服务器将返回预测结果。

#Download

Download模块是用来下载数据中的。lncRNADisease分别提供TEXT和Excel格式的两种可下载文件格式(此版本中用于重新映射的基因组构建体:hg38和mm10;还应注意,带有转录本ID的lncRNA的基因注释如NR_xxxxxxx和ENSxxxxxxx基于NCBI和分别整合注释。)用户可以下载lncRNADisease中的所有数据,包括实验支持的lncRNA-疾病关联数据,lncRNA相互作用数据以及预测的lncRNA-疾病关联数据。

LncRNADisease:IncRNA相关疾病生信数据库插图7

点击“(txt   and   xls)” 即可下载

#Submit

用户可以将新条目提交到数据库,将其数据输入到相应的空白中,然后提交查询。网站将进一步整理提交的信息,以确定是否将新条目添加到数据库中。

LncRNADisease:IncRNA相关疾病生信数据库插图8

以上是关于LncRNADisease数据的内容介绍,简单总结LncRNADisease功能:

-浏览实验支持的lncRNA-疾病关联数据;

-搜索实验支持的lncRNA-疾病关联数据;

-浏览实验支持的lncRNA相互作用数据;

-根据基因组背景预测新型lncRNA的潜在相关疾病;

-下载实验支持的lncRNA-疾病关联数据;

-下载实验支持的lncRNA相互作用数据;-

-下载预测的lncRNA-疾病关联数据;

-下载lncRNA序列;

-将新条目提交到lncRNADisease数据库。

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