生信学习,咨询,代做,请关注公众号:生信风暴。或添加客服微信:ShengxinBoss1

​快来尝鲜!12月份发表的5+ceRNA纯生信文章

基因组分析 管理员 158℃ 0评论

​快来尝鲜!12月份发表的5+ceRNA纯生信文章插图今天和大家分享的是2020年12月份发表在Front Cell Dev Biol杂志上的一篇文章(IF=5.186),“Integrated Analysis of a Competing Endogenous RNA Network Reveals a Prognostic Signature in Kidney Renal Papillary Cell Carcinoma”。文章中作者基于TCGA数据库根据差异基因构建了一个竞争性内源性RNA(ceRNA)网络,并通过结合单变量Cox回归方法和逐步回归方法来建立预后模型验证,为KIRP的分子治疗提供了新的靶点。

Integrated Analysis of a Competing Endogenous RNA Network Reveals a Prognostic Signature in Kidney Renal Papillary Cell Carcinoma

ceRNA调控网络揭示肾乳头状细胞癌预后指标

一、背景介绍

肾乳头状细胞癌(KIRP)发病率约为15–20%,但较少有可靠的临床特征来预测KIRP患者预后。尽管已开发针对如血管内皮生长因子(VEGF)受体以及雷帕霉素(mTOR)抑制剂的靶向药,但患者治疗的反应不一致。因此,找到可靠的预后预测指标以指导KIRP的临床治疗至关重要。

二、结果解读

1.差异表达的mRNA,miRNA和lncRNA的鉴定

作者选择18,505个mRNA,9,644个lncRNA和869个miRNA进行差异表达分析,其中共发现1,832个DEmRNA(853个上调和979个下调),1,036个DElncRNA(458个上调和578个下调)和93个DEmiRNA(42个上调和51个下调)。

2.DEmRNA的功能富集分析

在GO分析中,上调的mRNA主要富含细胞外基质,受体-配体活性和中性粒细胞活化。下调的mRNA主要富集于金属离子跨膜转运蛋白活性和二价无机阳离子稳态。在KEGG分析中,上调的mRNA主要富集在金黄色葡萄球菌感染和细胞因子-细胞因子受体相互作用上。

​快来尝鲜!12月份发表的5+ceRNA纯生信文章插图1

图1 DEmRNA的功能富集分析

3.KIRP中ceRNA网络的构建

为探索KIRP中DEmRNA,DElncRNA和DEmiRNA之间的相互作用机制,作者使用Cytoscape构建ceRNA网络。网络中共记录1,251个lncRNA–miRNA–mRNA相互作用,包括21个DEmiRNA(6个上调,15个下调),52个DElncRNA(21个上调,31个下调)和66个DEmRNA(29个上调,37个下调)。

​快来尝鲜!12月份发表的5+ceRNA纯生信文章插图2

图2 KIRP的CeRNA网络

04.蛋白质组网络分析

ceRNA网络中共有66个DEmRNA在PPI网络中置信度> 0.7。最后,在PPI中选择了连接度最高的7种蛋白质,包含NCAPG,PBK,ASF1B,CENPF,BIRC5,FOXM1和PLK1。除了ASF1B外,六个RNA表达水平与总体生存结果显着相关。

​快来尝鲜!12月份发表的5+ceRNA纯生信文章插图3

图3 ceRNA网络中mRNA的PPI网络分析

05.筛选生物标志物和构建风险模型

通过单变量Cox回归选择ceRNA网络中共21个与预后相关的候选标记物,采用逐步回归法确定最佳特征预测KIRP患者的预后,模型包含8个RNA(p <0.01)。

​快来尝鲜!12月份发表的5+ceRNA纯生信文章插图4

图4 模型构建与评估

Kaplan-Meier生存曲线分析表明,高危组和低危组之间的生存时间存在显着差异。低风险组的5年生存率高于0.9,高风险组低于0.5(p <0.001)。此外,肿瘤分期与KIRP患者的生存密切相关。早期(i和ii期)患者的生存时间比晚期(iii和iv期)更长。

​快来尝鲜!12月份发表的5+ceRNA纯生信文章插图5

图5 KIRP患者的总体生存曲线及不同肿瘤阶段八个模型基因的表达

与1型KIRP相比,2型乳头状RCC(pRCC)与较高的分期,分级相关。此外,生存分析结果表明,肿瘤类型与KIRP患者的生存密切相关,2型KIRP患者的生存时间更短。

​快来尝鲜!12月份发表的5+ceRNA纯生信文章插图6

图6 KIRP患者不同肿瘤类型的生存曲线及八个模型基因的表达

三、小结

作者首先从数据集中筛选差异基因建立KIRP的ceRNA网络,对其中的mRNA做PPI,并对核心基因进行生存分析和表达量统计。对ceRNA网络中所有的基因用cox单因素回归筛选预后显著的分子并构建风险评分模型,研究KIRP的整体生存结局,并为KIRP的分子治疗提供了新的靶点。

​快来尝鲜!12月份发表的5+ceRNA纯生信文章插图7
扫码或添加微信沟通:ShengxinBoss1
往期回顾:

最强攻略1:史上最全单细胞数据库汇总解读

最强攻略2:史上最全非编码RNA数据库汇总解读

最强攻略3:史上最全外泌体数据库汇总解读

最强攻略4:史上最全甲基化表观调控数据库汇总解读

​快来尝鲜!12月份发表的5+ceRNA纯生信文章插图8

转载请注明:智汇基因 » ​快来尝鲜!12月份发表的5+ceRNA纯生信文章

喜欢 (0)
发表我的评论
取消评论
表情

Hi,您需要填写昵称和邮箱!

  • 昵称 (必填)
  • 邮箱 (必填)
  • 网址